Bryce Holliday, le directeur de Luigi's Mansion : Dark moon, a révélé que Miyamoto a procédé à des changements critiques dans le jeu incluant se débarasser de tous les boss originaux. Holliday dit que l'équipe avait déjà quelques boss en place, mais Miyamoto n'en était pas tout à fait satisfait. Il a alors fait recommencer les développeurs du début. Voici ce qu'Holliday a déclaré :
En ce qui concerne l'implication de Miyamoto avec Next Level Games, il était comme un mentor. Je crois qu'il utilisait le mot « berger ». Il venait souvent afin de remettre le bateau dans la bonne direction quand nous nous égarions. Nous avons été capable de respecter les consignes qu'il a établit et deux gentils hommes, Ikebata et Nakada en étaient les gardiens. Nous étions constamment poussés jusqu'à nos limites, puis on nous ramenait si nécessaire.
À un certain point il a rayé tous les boss du jeu et nous a fait recommencer. C'était un changement soudain. Il nous a souvent poussé à ne pas prendre que nos premières idées. Il fallait expérimenter, pour ensuite choisir nos meilleures idées.
L'ingénieur du gameplay, Brian Davis ajoute :
C'était vers le début du projet. Nous avions seulement complété un boss. Nous avions fait le design des autres, mais nous ne les avions pas encore implémenté. Ce qu'il désirait, ce sont des boss qui ne pourraient se retrouver que sur Luigi's mansion. Si vous verriez un boss vous diriez : « Ça c'est un boss de Luigi's mansion ! » Je pense que c'était le bon choix. Cela nous a permis d'être créatif.
