Le Dr Robotnik, cherche à s'approprier les pouvoirs des Six Redoutables. Mais son plan se retourne contre lui, puisque les 6 créatures se rebellent contre leur maître. Le Dr. Robotnik/Eggman n'a donc pas d'autre choix que de faire équipe avec Sonic, son ennemi juré depuis toujours, pour sauver le monde.