Les joueurs prennent le contrôle de la demi-génie Shantae, qui essaye de retrouver les trente morceaux de magie de génie éparpillés à travers Sequin Land. À la différence des jeux précédents, dans lesquels Shantae utilisait sa magie de génie pour se métamorphoser, elle doit maintenant trouver différents équipements de pirate pour progresser dans le jeu. Ces objets comprennent des dagues, des pistolets, des cimeterres, des canons et des grappins.