Metroid Prime: Federation Force est, en quelque sorte, un spin-off de la série Metroid Prime. En effet, comme son nom l'indique le jeu se concentre sur la fédération de l'univers Metroid et Samus Aran n'est donc pas présente. Il s'agit, de plus, d'un jeu de tir à la première personne en coopération jusqu'à 4 joueurs.