La Banque Pokémon est une application disponible sur l'eShop 3DS qui permet de stocker et gérer jusqu'à 3000 pokémons dans des boîtes en ligne personnelles. Elle est accompagnée par le service Poké Transfert qui permet de transférer ses pokémons des versions Noire, Blanche, Noire 2 et Blanche 2 vers la Banque Pokémon afin de pouvoir ensuite les envoyer vers Pokémon X et Y. L'application nécessite le paiement d'un abonnement annuel de 4.99€.